PT PELNI (Persero) merupakan Badan Usaha Milik Negara (BUMN) yang kepemilikannya 100% dimiliki oleh Pemerintah Republik Indonesia. Per 31 Desember 2017, tidak ada Direktur dan Komisaris yang memiliki saham PT PELNI (Persero). Pemegang Saham Utama dan pengendali PT PELNI (Persero) adalah Pemerintah Negara Republik Indonesia dengan wakil kuasa Pemegang Saham adalah Kementerian Negara BUMN Republik Indonesia.
