Sebagai perusahaan negara yang melayani transportasi laut antar pulau, PELNI menjalankan peran strategis dalam jalannya roda perekonomian dan sosial masyarakat kepulauan. Tanpa kehadiran kapal-kapal PELNI, masyarakat kepulauan akan kesulitan untuk melakukan aktivitas hariannya, termasuk diantaranya jual beli barang kebutuhan pokok, akses pendidikan dan kesehatan, serta yang terutama akses transportasi dari pulau-pulau kecil ke kota yang lebih besar.
Menimbang peran strategis yang dimiliki PT PELNI, maka Pemerintah melalui Kementerian Perhubungan memberikan penugasan dalam bentuk kewajiban pelayanan publik atau PSO (public service obligation). Dengan menerima PSO, PT PELNI berkewajiban untuk menjalankan rute kapal yang ditentukan oleh Pemerintah demi memastikan bahwa daerah-daerah dengan keterbatasan akses transportasi dapat terlayani.
Penugasan Kapal Penumpang. Saat ini PT PELNI mengoperasikan 26 kapal penumpang--mulai kapasitas 500 hingga 3000 seat--dan melayani lebih dari 90 pelabuhan dan 1200 ruas/rute. Setiap tahun, rute yang dilayani oleh Kapal PELNI dapat mengalami perubahan, sesuai dengan usulan Perusahaan, permintaan dari masyarakat, maupun penugasan baru dari Pemerintah.
Penugasan Kapal Perintis. Sejak akhir 2015, Kementerian Perhubungan menyerahkan pengoperasian sebanyak lebih dari 46 Kapal Perintis kepada PT PELNI dengan dasar penugasan sebagai berikut:
Kapal Perintis merupakan kapal penumpang berkapasitas 500 orang yang melayari pulau-pulau dengan kategori 3TP (Terpencil, Terdepan, Tertinggal dan Perbatasan).
Penugasan Kapal Tol Laut. Di era pemerintahan Presiden Joko Widodo, salah satu program yang dimasukkan dalam 9 Agenda Prioritas Nawacita adalah Program Tol Laut, yaitu angkutan barang-barang kebutuhan pokok dari sentra produksi ke pulau-pulau menggunakan kapal laut, atau dinamakan Kapal Tol Laut dengan tipe kapal barang/kontainer. Kapal Tol Laut dimaksudkan untuk meningkatkan dan mempercepat arus distribusi barang kebutuhan pokok, sehingga dapat menekan perbedaan harga barang antara Indonesia bagian barat dengan bagian timur. Saat ini PT PELNI mengoperasikan 8 (delapan) Kapal Tol Laut, yang didalamnya termasuk Kapal Ternak yang mengangkut ternak hidup (sapi) dari sentra pembiakan ternak sapi seperti wilayah Nusa Tenggara untuk dikirimkan ke Pulau Jawa.
Dasar penugasan Kapal Tol Laut, antara lain:
Dalam menjalankan penugasannya, PT PELNI selalu menjalankan prinsip tata kelola perusahaan yang baik (good corporate governance) dan secara berkala memberikan laporan pertanggungjawaban kepada Pemerintah. Dengan menerima penugasan PSO, PT PELNI bertanggung jawab untuk memberikan pelayanan yang terbaik kepada masyarakat.